System of a Down известны тем, что поначалу группа исполняла музыку в стиле ню-метал, хотя сейчас они определённого стиля не имеют. Этот стиль нередко называют альтернативным металом, альтернативным роком, арт-роком, экспериментальным роком, хард-роком, хэви-металом, ню-металом, прогрессивным металом, прогрессивным роком. Также в их музыке встречаются и армянские мотивы. Другая отличительная черта армяно-американского коллектива — это их критические тексты. Их критика направлена в первую очередь на американскую политику, а также на средства массовой информации. Вследствие этого у лидера группы Сержа Танкяна имеется подозрение, что за группой следит ЦРУ.
Также в некоторых песнях S.O.A.D. обращают внимание слушателей на геноцид армян («P.L.U.C.K.» («Политически лгущие нечестивые трусливые убийцы»), «X» и «Holy Mountains»). В буклете дебютного альбома группы о треке «P.L.U.C.K.» сказано: «SOAD посвящает эту песню памяти полутора миллионов жертв геноцида армян, проводившегося турецким правительством с 1915 по середину 1920-х».
Юмор также играет важную роль в творчестве группы. Яркие примеры для этого — композиции «This Cocaine Makes Me Feel Like I’m On This Song» или «Vicinity Of Obscenity». Практически все тексты пишут гитарист группы Дарон Малакян и вокалист Серж Танкян.
Характерен для System of a Down также контрастный вокал. Мощный голос первого солиста Сержа Танкяна обычно сопровождается громкими, быстрыми и агрессивными гитарными риффами, а более высокий и мягкий вокал бэк-вокалиста Дарона Малакяна — более медленными и мелодичными пассажами.«System Of A Down — неотъемлемая часть новой революционной волны в тяжёлом роке, — пишет американский критик. — На первый взгляд, может показаться, что эта группа — ещё одна разновидность Rage Against the Machine, но во всем, что касается музыки, они настоящие металлисты, чьи песни впитали панковский подход, риффы в духе Pantera и вокальные приёмы в стиле Майка Паттона».
В основном на группу повлияла ближневосточная музыка, а также такие группы, как The Beatles, Kiss, AC/DC, Van Halen, Dead Kennedys, Фрэнк Заппа и Slayer. Музыкальный стиль группы похож на стиль Фрэнка Заппы.